<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=GB2312"></head>
<body>
<!--SOHUMAIL_HTML_HEAD_END--><p>when I use the following command&nbsp;,there always a error message.Can you help me ? Thank you very much !</p><p>command: <font color="#ff0000">grompp -f em.mdp -c trp_b4em.gro -p trp.top -o trp_em.tpr</font><br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </p><p>error message:<br />&nbsp;&nbsp; .<br />&nbsp;&nbsp; .<br />creating statusfile for 1 node...<br />Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<br />checking input for internal consistency...<br />calling /usr/bin/cpp...<br />processing topology...<br />Generated 279 of the 1225 non-bonded parameter combinations<br />Excluding 3 bonded neighbours for Protein 1<br />Excluding 3 bonded neighbours for IN4 1<br />Excluding 2 bonded neighbours for SOL 4145<br />Cleaning up temporary file gromppD2IkOr<br />-------------------------------------------------------<br />Program grompp, VERSION 3.3<br />Source code file: toppush.c, line: 1264<br />Fatal error:<br />No such moleculetype Cl<br />-------------------------------------------------------</p><p>&nbsp;</p><p>enviroment:</p><p><br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br />extra information:<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OS:&nbsp; Red Hat Linux AS4<br />&nbsp;&nbsp; fftw:&nbsp; fftw-3.1.2.tar.tar<br />gromacs:&nbsp; gromacs-3.3.tar.gz</p><p>installation :<br />1.fftw<br />./configure --enable-float<br />make<br />make install <br />2. gromacs<br />./configure&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPPFLAGS=&quot;-I/gromacs/gromacs-3.3/include&quot;&nbsp; LDFLAGS=&quot;-L/gromacs/fftw-3.1.2/libbench2&quot;&nbsp; <br />make <br />make install<br />++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</p><br><br><div class="idiograph" style="border:0px #A74A1E solid"><div class="w290"><div class="w134"></div><div class="w156"></div><div class="clear"></div></div></div><hr size=1><style type="text/css">
<!--
a {font-size:12px;color:black}
a:hover {font-size:12px;text-decoration:underline}
.b{font-family:Arial; font-size:80%; margin-bottom:2px;color:#0000CC}
.pp{font-family:Arial;font-size:10px}
-->
</style>
<table border=0>
<!--<tr><td height=18><a href="http://goto.mail.sohu.com/goto.php3?code=mailadt-ta1" target="_blank"><font color=red>上传闪邮传情贺卡,赢取超炫DISNEY情人对表!</font></a>
-->
<!--http://goto.mail.sohu.com/goto.php3?code=mailadt-ta1-->
<!--</td></tr>-->
<tr><td height=18><a href="http://goto.mail.sohu.com/goto.php3?code=mailadt-ta" target="_blank">*用搜狗拼音写邮件,体验更流畅的中文输入>></a>
</td></tr>
</table>
<!--SOHUMAIL_HTML_TAIL_END--></body>
</html>