
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calisto MT; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; ">Hi gmx-users,<BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I am trying to simulate a membrane protein covalently attached to a spin label in SDS micelle. I have obtained parameters from PRODRG server for SDS coordinates which are for use with GROMACS ff (ffgmx)... and my spin label forcefield parameters is in GROMOS96 (ffG43a1). My question is, can I use the GROMACS parameters of SDS molecules to directly derive its GROMOS96 params? If so how? </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>P.S. If anybody has GROMOS96, SDS ff already, please help! You contribution will be much appreciated!</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Thanks</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Venky</DIV><BR></BODY></HTML>