
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.3059" name=GENERATOR></HEAD>


<BODY>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>Hi </FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=Verdana size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>&nbsp; I was trying to do a protein 


simulation with the protein&nbsp;embedded in a dopc bilayer , but the mdrun 


killed with a message like this:</FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=Verdana size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana size=2>"&nbsp; Step 124772, time 249.544 (ps)&nbsp; 


LINCS WARNING<BR>&nbsp;&nbsp; relative constraint deviation after 


LINCS:<BR>&nbsp;&nbsp; max 78.497551 (between atoms 28341 and 28343) rms 


0.598885<BR>&nbsp;&nbsp; bonds that rotated more than 30 


degrees:<BR>&nbsp;&nbsp; atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, 


constraint length<BR>&nbsp;&nbsp; 28332&nbsp; 28333&nbsp; 


170.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.9127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.1000<BR>&nbsp;&nbsp; 28335&nbsp; 28336&nbsp;&nbsp; 30.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.1000&nbsp;&nbsp; 0.7634&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR>&nbsp;&nbsp; 


28335&nbsp; 28337&nbsp; 179.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 


6.4688&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR>&nbsp;&nbsp; 28341&nbsp; 


28342&nbsp; 140.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 


0.7312&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR>&nbsp;&nbsp; 28341&nbsp; 


28343&nbsp; 179.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 


7.9498&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR>&nbsp;&nbsp; Constraint error in 


algorithm Lincs at step 124772 <BR>&nbsp;&nbsp; Wrote pdb files with previous 


and current coordinates</FONT></DIV><FONT face=Verdana size=2>


<DIV><BR>&nbsp;&nbsp; Segmentation fault&nbsp; "</DIV>


<DIV></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>I checked the gro. file and found these are 


water molucules . Can anybody tell me why this&nbsp; happened and what&nbsp; 


shall I do to aviod this ?</FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=Verdana size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>Thanks&nbsp; in 


advance.</FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>Yongqi Huang</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV align=left><FONT size=2>


<HR style="WIDTH: 122px; HEIGHT: 2px" SIZE=2>


</FONT></DIV>


<DIV><FONT color=#c0c0c0><FONT size=2>黄永棋</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>2007-04-09</FONT></FONT></DIV></FONT></BODY></HTML>