Hello, <br>
I am a beginner in GROMACS and I am using GROMACS to analyse the
solution structure of protein in water after initial homology/abinitio
modelling. I have already run a search on the gmx_users list for my
queries. There are a few basic questions i would like to ask.<br>
<br>
1. In the&nbsp; md integrator, what is the total simulation time used
in simulation of peptides in general? I&#39;m currently using 200ps,
consisting of nsteps=100000, and dt=0.002 and the rmsd graph has not
reached a plateau region still.<br>
<br>
2. Is minimisation in GROMACS only used as a precursor to the
md-simulation to remove bad contacts, or can we also use it effectively
to minimize a raw modelled ab-initio structure.?<br>
<br>
any help would be greatly appreciated.<br>
<br>
Thanking you,<br>
<br>
yours sincerely,<br>
Priya Chandran<br>
<br>
Dept. of Physics<br>
Indian Institute of Science