Hi Mark<br>
I checked my mdp file, the flags for nstvout and nstfout are all zero, this must be the problem.<br>
Thank you for your suggestions!<br>
<br>
Yours<br>
Xin<br><br><div><span class="gmail_quote">On 4/18/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
liu xin wrote:<br>&gt; Hi GMX users<br>&gt;<br>&gt; My 2ns simulation crashed accidentally, gmxcheck said my previous<br>&gt; simulation was stopped at 1400 ps, then I used the tpbconv to generate a<br>&gt; new tpr to restart it from the previous ending point:
<br>&gt; &quot;tpbconv -f -e -s -o new.tpr&quot;<br>&gt; but I found the output message of tpbconv said:<br>&gt; &quot;1000000 steps (2000 ps) remaining from first run.<br>&gt;
Writing statusfile with starting
step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 and
length&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1000000<br>&gt; steps...<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000
and length&nbsp;&nbsp; 2000.000 ps&quot;<br>&gt; and if I use the new.tpr, the simulation will run another 2ns! I doubt<br>&gt; that this new.tpr will restart my simulation from the beginning. Then I<br>&gt; tried -time 1300, -time 1000, -until 2000, the output message was the same.
<br>&gt; Did I use the tpbconv in a wrong way?<br><br>You need a trajectory frame with both positions and velocities... (and<br>an energy frame from its file if you want an exact continuation of<br>pressure-coupling or N-H T-coupling) I guess that only your first frame
<br>satisfies this. Consult the n???out flags in your original mdp file for<br>the frequency with which you are writing velocities.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>