Hi all!<br><br>I`m working on tRNA MD. My structure contains modified base 2MG, which have been added to the ffamber99p.rtp:<br><br>[2MG]<br>&nbsp;[atoms]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_46&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.08783&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp; amber99_45&nbsp;&nbsp; -0.76666

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp; amber99_45&nbsp;&nbsp; -0.76666&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O5&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_44&nbsp;&nbsp; -0.47131&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06353&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&#39;1&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06892&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&#39;2&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06892&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7

<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.03859&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_44&nbsp;&nbsp; -0.32723&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04596&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07745&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_43&nbsp;&nbsp; -0.59135&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12

<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&#39;2&nbsp; amber99_25&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41014&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09290&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N9&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_40&nbsp;&nbsp; -0.00919&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C8&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10447&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N7&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_36&nbsp;&nbsp; -0.55207&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.13484&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.58227&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_41&nbsp;&nbsp; -0.55183&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_35&nbsp;&nbsp; -0.60808&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.65874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_38&nbsp;&nbsp; -0.55992&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.35843&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C10&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp; -0.07537&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H20&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.08216&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.08216&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H22&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.08216&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N3&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_37&nbsp;&nbsp; -

0.54563&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19346&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.34611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H8&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_24&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15910&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16432&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11682

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34

<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.21246&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.08253&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&#39;&nbsp;&nbsp; amber99_44&nbsp;&nbsp; -0.48898&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37<br><br>&nbsp;[bonds]<br>...<br>...<br><br>After pdb2gmx -f trna.pdb -o trna.gro -v&nbsp; Gromacs says:

<br><br>WARNING: atom H5&#39;1 is missing in residue 2MG 1 in the pdb file<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom H5&#39;1 to the hydrogen database of residue 2MG<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual)<br>WARNING: atom H5&#39;2 is missing in residue 2MG 1 in the pdb file

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom H5&#39;2 to the hydrogen database of residue 2MG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual) ... ... I try to study hdb file by comparing .rtp, .pdb, and .hdb- entries, but my PDB structure does not contain any H-atoms.

<br>Where can I read about .hdb entry format for AMBER forcefield?<br>