Hello all,<br><br>I have 10 pdb files. I want to do simulation on each of them. But before that I want to check RMSD of each of them with others and want to know&nbsp; an average RMSD over all 10 srtuctures. The&nbsp; pdb files are o/p of&nbsp; protein-protein  docking. 
<br><br>In this case, can I make use of programme g_rms for the RMSD calculations ?<br><br>Or any other suggestion/programme please<br><br><br><br clear="all"><br>-- <br>Dhananjay C Joshi<br>Project Assistant<br>LSB, C D F D
<br>ECIL Road, Nacharam<br>Hyderabad-500 076, INDIA<br>Tel : +91-40-27151344<br>Fax : +91-40-27155610