On 4/30/07, <b class="gmail_sendername">Sonali</b> &lt;<a href="mailto:sonalipriyadarshini@gmail.com">sonalipriyadarshini@gmail.com</a>&gt; wrote:<div><span class="gmail_quote"></span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
hi everybody,<br>
&nbsp;i am running Gromacs simulation with the protein 1f9b.pdb. I had
earlier got some errors with the ligands present i.e FE, BCT and 3ID so
i had run prodrg with BCT and 3ID but as prodrg server doesnot support
for FE i had obtaine4d itp and top files for FE by pdb2gmx. and
ommiting the HETATM portions i had obtained a gro file for 1f9b.pdb and
later on had added the FE.gro , BCT.gro and 3ID.gro at the end of the
1f9b.gro file.then using pdb2gmx i got teh topology file which included the following at the end<br>
<br>
; Include Position restraint file<br>
#ifdef POSRES<br>
#include &quot;1f9b_with_ligand.itp&quot;<br>
#include &quot;FE.itp&quot;<br>
#include &quot;BCT.itp&quot;<br>
#include &quot;3ID.itp&quot;<br>
#endif</blockquote><div><br>You have included the topology files inside a IF function,,, unless you define -DPOSRES in your grompp those include files won&#39;t be read. So the cause of the error... place the&nbsp; FE, BCT and 3ID  include lines out of the IF statement (which starts with #ifdef and ends with a #endif)
<br>I don&#39;t see a reason why you would put the include lines inside the IF statement. In case you are trying to do a position restrained MD, you need to list all the BCT, 3ID and FE atoms and the force with which you want to restrain them in the 
posre.itp file.<br><br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
; Include water topology<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
[ position_restraints ]<br>
;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>
#endif<br>
<br>
; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
Protein in water<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>
Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
BCT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
3ID&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15 <br>
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27303<br>
<br>
but while running the grompp step i am getting error <br>
Fatal error:<br>
No such moleculetype FE<br>
<br>
i tried to move FE to another column like ions but thyen i get the same error with BCT and 3ID.<br>
Any suggestions are highly appreciated.<br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Venks<br><br>~ You will become rich and famous, unless you don&#39;t.