Thanks for the response Tsjerk ! I&#39;m sorry that i haven&#39;t included any information in my prev post.<br>here&#39;s my mdp file.<br><br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file
<br>;<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Yo<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; total 10 ps.
<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid
<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl
<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>; Energy monitoring<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein_MET_1<br>energygrps_excl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein Protein SOL SOL
<br>; Isotropic pressure coupling is now on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>; Generate velocites is off at 300 K.
<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br><br>i had added the groups to the energy monitoring section of the mdp file. and the error generated was<br><br>Program grompp, VERSION 
3.3<br>Source code file: readir.c, line: 819<br><br>Fatal error:<br>Atom 1 in multiple Energy Mon. groups (1 and 4)<br><br>Thanks for your help !<br>regards,<br>Kota.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/1/07, <b class="gmail_sendername">
Tsjerk Wassenaar</b> &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Kota,<br><br>In your .mdp file, under energy_grps, you should list your residues.<br>As you didn&#39;t give much more information, it&#39;s hard to tell why grompp<br>bailed out. The error message is usually a good thing to add to a
<br>mail, and in this case, the .mdp file might be too.<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br>On 5/1/07, Pradeep Kota &lt;<a href="mailto:kotanmd@gmail.com">kotanmd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear users,<br>&gt;<br>&gt; I&#39;m trying to compute the contribution of each residue to the total energy
<br>&gt; of a protein. I neutralized my system with 8 chloride ions and then made an<br>&gt; index file with each residue in a different index group, using &#39;splitres&#39;<br>&gt; via make_ndx. it gave me an index file with atoms of each residue in
<br>&gt; different index groups. but as all these atoms are again listed in the<br>&gt; default index group - Protein, grompp shouts out a fatal error. there was a<br>&gt; post on the list about index groups being bungled up after taking the system
<br>&gt; thro genion. but i dont think genion really matters in my case. any inputs?<br>&gt; my idea is to calculate the energy of each residue in a given protein. i<br>&gt; wish to run a simulation for 10 ps for that. am i going wrong anywhere? is
<br>&gt; there a better way?<br>&gt;<br>&gt; thanks in advance<br>&gt; Kota.<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read
<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br><br>--<br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center
<br>Utrecht University<br>Padualaan 8<br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931<br>F: +31-30-2537623<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read 
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