Thanks a lot Tsjerk !<br>I joined SOL and Cl into one index group and removed Protein and SOLCL (the new one with SOL and CL) from energy monitoring list. It works now. i got the energy of a particular residue.<br><br>thanks for the help. 
<br>kota.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/1/07, <b class="gmail_sendername">Tsjerk Wassenaar</b> &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Kota,<br><br>So in your case, the solution is to make an index group<br>Protein_not_met1 or something like that. Note that you can always get<br>information about energies and energy contributions by using mdrun<br>-rerun and feeding a trajectory.
<br><br>Now there&#39;s one other thing:<br><br>&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>&gt; Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;berendsen<br>&gt; tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;Protein&nbsp;&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl<br>&gt; tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;
0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&gt; ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br><br>This is bad! Check the archives on temperature coupling groups (hint:<br>check last weeks archive), and think a bit about heat-baths.<br><br>
Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br>--<br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8<br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931<br>
F: +31-30-2537623<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>