<div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Dear gmx users,</FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-spacerun: yes"><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>I downloaded popc.itp file lipid.itp file from website </FONT></FONT><A href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies"><FONT face="Times New Roman" size=3>http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</FONT></A><FONT face="Times New Roman" size=3>.<SPAN
 style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Based on popc.itp file I prepared dopc.itp file for DOPC lipids.&nbsp;Here I have few doubts.</FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.5in; TEXT-INDENT: -0.25in; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list .5in"><FONT face="Times New Roman"><FONT size=3>1)</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><FONT size=3>I would like to use 43a1 force field to my protein (transmembrane protein). May I combine this force field with dopc.itp.</FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.25in"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.5in; TEXT-INDENT: -0.25in;
 mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list .5in"><FONT face="Times New Roman"><FONT size=3>2)</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><FONT size=3>Mr.<B> </B>Chris Neale said that modification of C6 and C12 parameters to sigma, epsilon when merging lipid.itp and OPLSAA. Corresponding link was given below.</FONT></FONT></div><PRE><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><A href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-May/021416.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-May/021416.html</A> </PRE>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.25in"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>In my case I have to modify these parameters in lipid.itp file. </FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.25in"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal
 style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.5in; TEXT-INDENT: -0.25in; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list .5in"><FONT face="Times New Roman"><FONT size=3>3)</FONT><SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><FONT size=3>If I have to modify lipid.itp file, I request you that can you give more details about modification of parameters and file format.</FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt 0.25in"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Any suggestion is appreciated. Thank you in advance.</FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-spacerun:
 yes"><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN>With best
 regards,</FONT></FONT></div><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Nagaraju Mulpuri.</SPAN><p>&#32;



      <hr size=1>Ahhh...imagining that irresistible "new car" smell?<br> Check out
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=48245/*http://autos.yahoo.com/new_cars.html;_ylc=X3oDMTE1YW1jcXJ2BF9TAzk3MTA3MDc2BHNlYwNtYWlsdGFncwRzbGsDbmV3LWNhcnM-">new cars at Yahoo! Autos.</a>