Dear gmx-users:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I am trying to simulate a surfactant-water system(also contains some
co-surfactants).&nbsp; Surfactant is a cationic surfactant with
chloride as counterion. And the cosurfactant is fatty
alcohol. water is of spc model. I got topologies from Prodrg
for my surfactant and cosurfactant.&nbsp; So&nbsp; I&nbsp; minimized
the energies&nbsp; for both my molecules. And prepared a system of 1400
waters, 20 surfactants, 20 counter ions and 40 cosurfactants in a
box&nbsp; of 5X5X8
nm^3 using packmol. <br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp; I tried to minimize the energy of the system using l-bfgs.
But I am always getting the error attached below. In my em.mdp file I
am
using pme for coulomb type.&nbsp; Even for MDRUN also I am getting the
same error...&nbsp; I checked the previous posts and I am unable to
understand what&#39;s the problem. And can anyone tell what is meant by
broken topology??? Also try to help me to get out of the problem. <br>
<br>
--------------------<br>
Low-Memory BFGS Minimizer:<br>
&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.00000e+04<br>
&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10000<br>
Warning: 1-4 interaction between 1 and 4 at distance 3.540 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>
This usually means your system is exploding,<br>
if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>
Using 10 BFGS correction steps.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;
F-max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; inf on atom 97<br>
&nbsp;&nbsp;
F-Norm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan<br>
-----------<br>
<br>
My topology contains a system of four types surfactant, cosurfctant,
water and Chloride ions. Until grompp everything is fine. Total charge
on system is zero. I can give any more details if it is needed.<br>
<br>-- <br>Arun kumar.V<br>M.E Chemical<br>
<br>
<br>