<div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" size=3>Dear gmx users,</FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>I have one doubt regarding conversion of C6/C12 parameters to sigma /epsilon. </FONT></FONT><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">As Mr C<SPAN style="mso-bidi-font-weight: bold">hris neale said (</SPAN></FONT></FONT><A href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-May/021416.html"><FONT face="Times New Roman" color=#800080 size=3>http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-May/021416.html</FONT></A><FONT face="Times New Roman" size=3> <SPAN style="mso-bidi-font-weight: bold">), <SPAN style="mso-spacerun:
 yes">&nbsp;</SPAN>I</SPAN> added atomtypes, pairtypes and dihedraltypes from lipid.itp to ffoplsaanb.itp---after changing C6/C12 paramters to sigma/epsilon. </FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT face="Times New Roman" size=3>My questions are</FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT face="Times New Roman" size=3>(1) Is it also required to do conversion of C6/C12 parameters of “nonbond_params“to sigma/epsilon and adding these parameters from lipid.itp to ffoplsaanb.itp.</FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; mso-layout-grid-align: none"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in
 0pt; mso-layout-grid-align: none"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">(2) If it is not required to convert” nonbond_params” parameters, is it required to call these parameters without conversion.<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;</FONT></o:p></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Any suggestion is appreciated, thank you in advance.</FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SPAN style="mso-spacerun: yes"><FONT face="Times New Roman"
 size=3>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>With best regards,</FONT></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN
 style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;</SPAN>Nagaraja Mulpuri.</FONT></FONT></div>  <div>&nbsp;</div><p>&#32;



      <hr size=1>Ahhh...imagining that irresistible "new car" smell?<br> Check out
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=48245/*http://autos.yahoo.com/new_cars.html;_ylc=X3oDMTE1YW1jcXJ2BF9TAzk3MTA3MDc2BHNlYwNtYWlsdGFncwRzbGsDbmV3LWNhcnM-">new cars at Yahoo! Autos.</a>