<div>Hi everone.</div>  <div>I'm studying on a protein including two chains with <STRONG>four</STRONG> disulfide bonds.when I<BR>watched the simulation I saw that A and B chains were splitting from<BR>eachother.Then I gave that command.<BR>&nbsp;&nbsp; pdb2gmx&nbsp;&nbsp;&nbsp; -f 1ppbfree.pdb -p 1ppbfree.top -o 1ppbfree.gro&nbsp; -merge&nbsp; -ss&nbsp; -inter&nbsp;&nbsp; -ignh.</div>  <div>But the chains split from eachother again.In specbond.dat only one CYS-CYS bond appears.Should I &nbsp;add three more lines to the file like this?</div>  <div>CYS&nbsp; SG&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CYS&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; CYS2&nbsp;&nbsp; CYS2<BR></div>  <div>&nbsp;</div>  <div>What can I do to identify the&nbsp; -SS bond other than these?</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Thank you</div>  <div>Best regards</div>  <div>Fulya Caglar</div>  <div>Hacettepe&nbsp; University</div><p>&#32;

<hr size=1>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49678/*http://smallbusiness.yahoo.com/domains/?p=BESTDEAL"> Get your own web address.</a><br> Have a HUGE year through <a href="
http://us.rd.yahoo.com/evt=49678/*http://smallbusiness.yahoo.com/domains/?p=BESTDEAL">Yahoo! Small Business.</a>