Dear Users,<br><br>While doing the afm pulling I have observed a
difference in&nbsp; the units of pull&nbsp; rate between the pull.ppa (nm/ps)
and&nbsp; PULL INFO (nm/ns) given in the log output of the run. I&nbsp; am using
Gromacs 3.3. <br><br>
Is it a typo error or real ?<br><br>Attached below is a section of my log file;<br><br>******************************<div id="mb_0">********************<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PULL INFO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>**************************************************
<br>RUN TYPE: Afm<br>REFERENCE TYPE: center of mass of reference group<br>Looking for group OXY: found group OXY: 3 elements. First: 13<br>Looking for group REF: found group REF: 3 elements. First: 14497<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 
0.020834<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.664&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.851&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.867<br>Initializing reference group. Inv. mass: 0.000000<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>Initial distance of group 1:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
3.111<br><br>Pull rate: 5.000000e-02 nm/ns. Force constant: 5.000000e+03 kJ/(mol nm)<br>Pull direction:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.535&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.595&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.600<br>******************************************************************************************
<br><br>Sincerely,<br><span class="sg"><br>M. N. Manoj</span></div>