I'm not sure if this has been addressed previously, but perhaps the reason why we're seeing so many users performing incorrect temperature coupling of ions is because that is how it is done in the very popular fwspider tutorial. In fact this tutorial is the first hit on google for "gromacs tutorial." 
<br><br>; Berendsen temperature coupling is on in three groups <br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen <br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1 <br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sol&nbsp; CL¡© <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp; 300 
<br><br><a href="http://www.google.com/url?sa=t&amp;ct=res&amp;cd=1&amp;url=http%3A%2F%2Fwww2.umdnj.edu%2F~kerrigje%2Fpdf_files%2Ffwspidr_tutor.pdf&amp;ei=wuZBRpz3IZDOwQKZqaT5DQ&amp;usg=AFrqEzdUTsDP3qQxqY90ZIlZ2PrpLg8FXg&amp;sig2=3IIJaY71ZM6wMwWtUAE5AA">
http://www.google.com/url?sa=t&amp;ct=res&amp;cd=1&amp;url=http%3A%2F%2Fwww2.umdnj.edu%2F~kerrigje%2Fpdf_files%2Ffwspidr_tutor.pdf&amp;ei=wuZBRpz3IZDOwQKZqaT5DQ&amp;usg=AFrqEzdUTsDP3qQxqY90ZIlZ2PrpLg8FXg&amp;sig2=3IIJaY71ZM6wMwWtUAE5AA
</a><br><br>Hopefully this is useful, my apologies if I&#39;m not understanding the issue correctly.<br><br>,Tom<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/7/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">
Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">×ùåÀ༠wrote:<br>&gt; tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CL-
<br>&gt;<br>&gt; tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.1<br>&gt;<br>&gt; ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br><br>I don&#39;t know if it&#39;s germane to your problem, but this is about the<br>tenth time this month that someone has reported an .mdp file with groups
<br>of ions coupled independently to thermal baths. This is a Bad Idea, and<br>means that even if everything else is working correctly, your simulation<br>isn&#39;t as close to accurate as you would want. Search the mailing list
<br>for reasons why.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a><br></blockquote></div><br>