Hi,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have to calculate the energy of each amino acid in the protein. In one of the questions in mailing list <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2001-November/000222.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2001-November/000222.html 
</a><br>I came across this and this is what exactly what i should do. Can you please explain that in a more clear way as I am getting an error when i editted the steep.mdp file for the energygrps option saying that the topology file 
topol.top does not match the out.gro file.<br>Thank you<br>abhigna<br>