<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">To combine two structures, use editconf to translate/rotate each first and combine with a text editor.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: Sheyore Omovie &lt;omovie_johnnie@hotmail.com&gt;<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Sent: Sunday, May 20, 2007 1:22:15 AM<BR>Subject: [gmx-users] Two polypeptides in one box<BR><BR>
<DIV>Hi gromacs users,<BR>I want to simulate interaction between two polypeptides in one box. I have <BR>read Tsjerk response to a similar question. However, i dont know just how to <BR>implement it, i.e how do I position two pdb files using editconf and create <BR>one pdb file. If possible I'll appreciate specific commands on how to <BR>implement this.<BR>I also tried using pymol, but because I'm also new to this software, I could <BR>not figure it out.<BR>Regards<BR>John<BR><BR>_________________________________________________________________<BR>PC Magazine’s 2007 editors’ choice for best Web mail—award-winning Windows <BR>Live Hotmail. <BR><A href="http://imagine-windowslive.com/hotmail/?locale=en-us&amp;ocid=TXT_TAGHM_migration_HM_mini_pcmag_0507" target=_blank>http://imagine-windowslive.com/hotmail/?locale=en-us&amp;ocid=TXT_TAGHM_migration_HM_mini_pcmag_0507</A><BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing
 list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org<BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV></DIV><BR></DIV></div></body></html>