&nbsp; Thanks for the suggestions.<br>&nbsp; I have traced the calling sequence from do_force() to calculate LJ forces: do_force() --&gt;force() --&gt;do_nonbonded(). But in do_nonbonded() function of nonbonded.c file, if for general processor, it should have call gmx_nb_generic_kernel() function but this line is in fact commented and the implimentation of gmx_nb_generic_kernel() can not be found. My gromacs version is 
v3.3. <br>&nbsp; So is there previous implementation of this function? I can write it myself but the efficiency will be much lower. Any suggestions? Thanks in advance.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Yours Sincerely,
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WU Yanbin<br>------------------------------<br><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Message: 4<br>Date: Fri, 18 May 2007 09:14:22 +1000<br>From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Calculate individual force between each atom
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;pair<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:464CE1CE.2090204@anu.edu.au">464CE1CE.2090204@anu.edu.au
</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>WU Yanbin wrote:<br>&gt; Hi, Everyone,<br>&gt;&nbsp;&nbsp; The force given by .trr file is the total force acted on each atom.<br>&gt; Now I would like to modify codes to calculate individaul force between
<br>&gt; each atom pair. Is it possible in gromacs? (Because I remember some part<br>&gt; of gromacs is writen in Fortran and already compiled).<br><br>Err, no, not Fortran. The inner loops for calculating energies and<br>
forces are written in assembly for some common architectures, and there<br>are fall-back routines in C. It would not be too hard to modify these C<br>routines to write the nonbonded force between pairs of atoms in the<br>
inner loops. Writing that to output is likely to be unreasonably slow,<br>and generate an unreasonably large data size (it&#39;s effectively a<br>trajectory of size N^2 now). Depending on your application you might not<br>
need to write the numbers to a file, but you haven&#39;t told us what you<br>want here.<br><br>In any case, think very carefully about what you want to do, and then be<br>prepared to understand the whole structure of mdrun, and lots of fine
<br>detail inside do_force()<br><br>Mark<br><br><br>------------------------------<br></blockquote></div>