<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear GROMACS users,<br><br>I'm having problem using genbox while trying to solvate my micelle structure. The program produced error "cannot allocate memory". I checked the mailing list archive, and found that Dr. David once told to check the limit command. I tried to type "limit" but the command was not found. Do I need to move to specific directory to use this command? I'm using OS Kernel: Linux version 2.6.9-34.ELsmp (Red Hat 3.4.5-2). Or Maybe something wrong anywhere else?.. I've include the error message (just in case).<br><br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/atommass.dat<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/vdwradii.dat<br>Opening library file
 /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/dgsolv.dat<br>#Entries in atommass.dat: 82 vdwradii.dat: 26 dgsolv.dat: 7<br>Reading solute configuration<br>Built with Packmol<br>Containing 787 atoms in 21 residues<br>Initialising van der waals distances...<br>Reading solvent configuration<br>"216H2O,WATJP01,SPC216,SPC-MODEL,300K,BOX(M)=1.86206NM,WFVG,MAR. 1984"<br>solvent configuration contains 648 atoms in 216 residues<br><br>Initialising van der waals distances...<br>Will generate new solvent configuration of 54x54x54 boxes<br>-------------------------------------------------------<br>Program genbox, VERSION 3.3<br>Source code file: smalloc.c, line: 137<br><br>Fatal error:<br>realloc for atoms_solvt-&gt;atom (-213500416 bytes, file gmx_genbox.c, line 399, at oms_solvt-&gt;atom=0x0x 81f07a0)<br>-------------------------------------------------------<br>"We Don't Bother Anyone" (LIVE)<br>: Cannot allocate memory<br><br></div></div><br>
      <hr size=1>Yahoo! oneSearch: Finally, <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=48252/*http://mobile.yahoo.com/mobileweb/onesearch?refer=1ONXIC"> mobile search 
that gives answers</a>, not web links. 

</body></html>