<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Dear all,<br>
<blockquote type="cite">
  <pre wrap="">Message: 4
Date: Wed, 23 May 2007 10:16:59 -0400
From: Justin Lemkul <a class="moz-txt-link-rfc2396E"
 href="mailto:jalemkul@vt.edu">&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</a>
Subject: Re: [gmx-users] Re: Re: do_dssp for many peptides
To: Discussion list for GROMACS users <a class="moz-txt-link-rfc2396E"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E"
 href="mailto:1179929819.46544cdb08c4f@webmail.vt.edu">&lt;1179929819.46544cdb08c4f@webmail.vt.edu&gt;</a>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
  </pre>
  <blockquote type="cite" style="font-size: small;">
    <pre wrap=""><span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>do_dssp claims that are 248 residues in my selected group, although 248
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>is the number of <b
 class="moz-txt-star"><span class="moz-txt-tag">*</span>atoms<span
 class="moz-txt-tag">*</span></b> (not of residues) of this peptide. After the
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>notion that some temporary file is backed up, do_dssp gets stuck again.
<span class="moz-txt-citetags">&gt;</span>
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>I have even tried exactly Mark's suggestion (xtc file containing single
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>peptide) for test reasons, but a similar problem occurs for the peptide
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>denoted as chain N: do_dssp claims that are 124 residues in my selected
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>group, although 124 is the number of <b
 class="moz-txt-star"><span class="moz-txt-tag">*</span>atoms<span
 class="moz-txt-tag">*</span></b> (not of residues) of this
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>peptide. After the notion that some temporary file is backed up, do_dssp
<span class="moz-txt-citetags">&gt; </span>gets stuck again.
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
I saw a similar description in the archives a long time ago when I was looking
for help on do_dssp and experiencing similar problems (with a simpler system,
granted).  Which group are you selecting for running do_dssp?  These errors
seem to come up if you select any group other than 'MainChain' (choice 5, I
believe).  If do_dssp is finding an incorrect number of "residues," perhaps you
have selected 'Protein' instead of 'MainChain' for your analysis?
  </pre>
</blockquote>
Thanks for your reply, Justin. Indeed I had chosen 'Protein' so far.
But it is not evident that this caused the problem, since it worked
well in some cases. Indeed, choosing 'MainChain' (indeed index group 5)
does not help, but results in the same behavior.<br>
<br>
Volker<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr. Volker Knecht
Department of Theory and Bio-Systems
Max Planck Institute of Colloids and Interfaces
Research Campus Golm
14424 Potsdam, Germany
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.mpikg-golm.mpg.de/th/people/vknecht/index.html">http://www.mpikg-golm.mpg.de/th/people/vknecht/index.html</a>

Phone: +49-331-567-9610
Fax: +49-331-567-9612
</pre>
</body>
</html>