<html>

<body>

Can anybody give me any ideas which might help me optimize my new cluster

for a more linear speed increase as I add computing cores? The new intel

Core2 CPUs are inherently very fast, and my mdrun simulation performance

is becoming asymptotic to a value only about twice the speed I can get

from a single core.<br><br>

I have included the log output from mdrun_mpi when using 5 cores at the

foot of this email. But here is the system overview<br>

&nbsp;<br>

My cluster system which comprises two computers running Fedora Core 6 and

MPI-GAMMA. Both have Intel Core2 CPUs running at 3GHz core speed

(overclocked). The main machine now has a sparkling new Core2 Quad

4-processor CPU and the remote still has a Core2-duo dual core

CPU.<br><br>

Networking hardware is crossover CAT6 cables. The GAMMA software is

connected thru one Intel PRO/1000 board in each computer, with MTU 9000.

A Gigabit adapter with Realtek chipset is the primary Linux network in

each machine, with MTU 1500. For the common filesystem I am running NFS

on a mounted filesystem with &quot;async&quot; declared in the exports

file. The mount is /dev/hde1 to /media and then /media is exported via

NFS to the cluster machine. File I/O does not seem to be a

bottleneck.<br><br>

With mdrun_mpi I am calculating a 240aa protein and ligand for 10,000

time intervals. Here are the results for various combinations of one,

two, three, four and five cores.<br><br>

One local core only running mdrun:

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>18.3

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>2.61 Gflops<br>

Two local

cores:<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>9.98

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>4.83 Gflops<br>

Three local

cores:<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>7.35

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>6.65 Gflops<br>

Four local cores (one also controlling)<x-tab>&nbsp;</x-tab>7.72

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>6.42 Gflops<br>

Three local cores and two remote cores:<x-tab>&nbsp;</x-tab>7.59

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>6.72 GFlops<br>

One local and 2 remote

cores:<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>9.76

hr/nsec<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>5.02 GFlops<br><br>

I get good performance with one local core doing control, and three doing

calculations, giving 6.66 Gflops. However, adding two extra remote cores

only increases the speed a very small amount to 6.72 Gflops, even though

the log (below) shows good task distribution (I think).<br><br>

Is there some problem with scaling when using these new fast CPUs? Can I

tweak anything in mdrun_mpi to give better scaling?<br><br>

Sincerely<br>

Trevor<br>

------------------------------------------<br>

Trevor G Marshall, PhD<br>

School of Biological Sciences and Biotechnology, Murdoch University,

Western Australia<br>

Director, Autoimmunity Research Foundation, Thousand Oaks,

California<br>

Patron, Australian Autoimmunity Foundation.<br>

------------------------------------------<br>

&nbsp;<br>

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>M E G A -

F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br><br>

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>Parallel

run - timing based on wallclock.<br>

&nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp;

SCFE=Soft-Core/Free Energy<br>

&nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)<br>

&nbsp;&nbsp; NF=No Forces<br><br>

&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; %

of Flops<br>

-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

928.067418&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30626.224794&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.1<br>

&nbsp;Coul(T)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

886.762558&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37244.027436&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.4<br>

&nbsp;Coul(T)

[W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

92.882138&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11610.267250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.4<br>

&nbsp;Coul(T) +

LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

599.004388&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32945.241340&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.2<br>

&nbsp;Coul(T) + LJ

[W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

243.730360&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33634.789680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.2<br>

&nbsp;Coul(T) + LJ

[W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3292.173000&nbsp; 1257610.086000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45.6<br>

&nbsp;Outer nonbonded

loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

945.783063&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9457.830630&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.3<br>

&nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

41.184118&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3706.570620&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1<br>

&nbsp;Spread Q

Bspline&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

51931.592640&nbsp;&nbsp; 103863.185280&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.8<br>

&nbsp;Gather F

Bspline&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

51931.592640&nbsp;&nbsp; 623179.111680&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.6<br>

&nbsp;3D-FFT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

40498.449440&nbsp;&nbsp; 323987.595520&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.7<br>

&nbsp;Solve

PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3000.300000&nbsp;&nbsp; 192019.200000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.0<br>

&nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1044.424912&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21932.923152&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.8<br>

&nbsp;Reset In

Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

24.064040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

216.576360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

&nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

961.696160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5770.176960&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.2<br>

&nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8.242234&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 239.024786&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.0<br>

&nbsp;Sum

Forces&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

721.272120&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

721.272120&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>

&nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

25.022502&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1075.967586&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.0<br>

&nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

36.343634&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5924.012342&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.2<br>

&nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

13.411341&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3071.197089&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1<br>

&nbsp;Impropers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.171217&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2531.613136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1<br>

&nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

241.774175&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4351.935150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.2<br>

&nbsp;Ext.ens.

Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

240.424040&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12982.898160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.5<br>

&nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

240.400000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2404.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1<br>

&nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

240.448080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6492.098160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.2<br>

&nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

240.424040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1442.544240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.1<br>

&nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

215.884746&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5181.233904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.2<br>

&nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

71.961582&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23243.590986&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.8<br>

-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2757465.194361&nbsp;&nbsp; 100.0<br>

-----------------------------------------------------------------------<br><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp;

408.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 408.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6:48<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

(Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>

Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.810&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6.758&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.176&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7.556<br><br>

Detailed load balancing info in percentage of average<br>

Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE:&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4 Scaling<br>

-------------------------------------------<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

LJ:423&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 41&nbsp;

32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coul(T):500&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

20%<br>

&nbsp;&nbsp; Coul(T) [W3]:&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 32 291

176&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34%<br>

&nbsp;&nbsp; Coul(T) + LJ:500&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20%<br>

Coul(T) + LJ [W3]:&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 24 296

178&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33%<br>

Coul(T) + LJ [W3-W3]: 60 116 108 106 107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

86%<br>

Outer nonbonded loop:246&nbsp; 42&nbsp; 45&nbsp; 79&nbsp;

85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40%<br>

1,4 nonbonded interactions:500&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20%<br>

Spread Q Bspline: 98 100 102 100&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

97%<br>

Gather F Bspline: 98 100 102 100&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

97%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3D-FFT:100 100 100 100

100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Solve PME:100 100 100 100

100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NS-Pairs:107&nbsp; 96&nbsp; 91 103

100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93%<br>

&nbsp;&nbsp; Reset In Box: 99 100 100 100&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Shift-X: 99 100 100 100&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG-CoM:110&nbsp;

97&nbsp; 97&nbsp; 97&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sum Forces:100 100 100&nbsp; 99&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

Bonds:499&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angles:500&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

20%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Propers:499&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

20%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Impropers:500&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Virial: 99 100 100

100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

Ext.ens. Update: 99 100 100 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

99%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Stop-CM: 99 100 100 100&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Calc-Ekin: 99 100 100 100&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;&nbsp; Constraint-V: 99 100 100 100&nbsp;

99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%<br>

&nbsp;Constraint-Vir: 54 111 111 111 111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

89%<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Settle: 54 111 111 111

111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89%<br><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total Force: 93 102&nbsp; 97 104

102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 95%<br><br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total Shake: 56 110 110 110

110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90%<br><br>

<br>

Total Scaling: 95% of max performance<br><br>

Finished mdrun on node 0 Sun May 27 07:29:57 2007<br>

<b>&nbsp; <br>

</b></body>

</html>