Hi, <br>When I do the DNA MD simulation. I use pdb2gmx, and the water model I used is spc.gro. <br>I did the editconf and genbox. The following is my em.mdp file. <br>------------------------------------------------------------------------------------------------
<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =-DEFLEXIBLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep<br>;gen-vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>;comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = angular<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2000<br>epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 82<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100
<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.3<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0005<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>;freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = CNT<br>;freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N<br>tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 450
<br>ref-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 450<br>;pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>;pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>;tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>;ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.01325<br>;compressibility = 4.5e-5<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 
1.3<br>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.3<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.2<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>constraints = none<br>-------------------------------------------------------------------------------------
<br>Q1, I am not sure whether should I put the &quot;define&nbsp; = -DFLEXIBLE&quot; in the em.mdp.<br>Q2,<br>When I perform the preprocess for energy minimization (grompp), the error message is :<br>&quot;Fatal error:<br>[file &quot;/home/nano/gromacs/share/gromacs/top/spc.itp&quot;, line 41]:
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Atom index(1) in setttles out of bounds (1-0)&quot;<br><br>I looked back to the spc.itp, from line 39 to 41:<br>----------------------------------------------------------------------<br>[ settles ]<br>; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp;&nbsp; doh&nbsp;&nbsp;&nbsp; dhh
<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16330<br>---------------------------------------------------------------------<br>Can you give me any suggestions about how to correct it and why?<br><br>Best regards!<br>Bo<br>