Dear Gmx-users,<br>I have followed&nbsp; http://folding.stanford.edu/ffamber/ for porting amber in Gromacs and i am trying to simulate protein-DNA complex. Preprocessing the topology files gives error as below:<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.22#<br>checking input for internal consistency...<br>calling /lib/cpp -traditional...<br>processing topology...<br>Generated 2628 of the 2628 non-bonded parameter combinations<br>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>Generated 2628 of the 2628 1-4 parameter combinations<br>Cleaning up temporary file gromppkzsTQq<br>Fatal error: [ file "/usr/local/gromacs/share/top/spc.itp", line 41 ]:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Atom index (1) in settles out of bounds (1-0)<br><br>I checked at the spc.itp file and found that the line 41 is:<br><br>&nbsp;[ settles ]<br>&nbsp;; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; doh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 dhh<br>&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16333<br><br><br><br>and i am using em.mdp file:<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<br>;<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing
 stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br><br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 no<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br><br>I tried the earlier post suggestion: that "include spc.itp " line must be before the "[molecule] section", but still gives the same error as:<br>&nbsp;<br>Fatal error: [ file "/usr/local/gromacs/share/top/spc.itp", line 41 ]:<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Atom index (1) in settles out of bounds (1-0)<br><br>Thanks and regards<br>-Alaguraj.V<br><BR><BR>ALAGURAJ VELUCHAMY<br>c/o Dr.S.KRISHNASWAMY,<br>CENTRE OF  EXCELLENCE IN BIOINFORMATICS,<br>MADURAI KAMARAJ UNIVERSITY,<br>MADURAI, TN.<br>Ph:09486148690<p>&#32;

<hr size=1><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49938/*http://tools.search.yahoo.com/toolbar/features/mail/">Never miss an email again!<br>Yahoo! Toolbar</a> alerts you the instant new Mail arrives.<a href="
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