Dear gmx-users,<br>I am trying to simulate protein-DNA complex and i am using AMBER port for ForceField. I have edited my PDB and spc.itp to suit parameters. While preprocessing the following error is shown.<br>The number of atoms in .top and .gro files are not matching. It is not taking into account the number of solvent molecule (74040) which are added during the genbox. I tried summing up water (391) in PDB and solvating water (74040) in a single line in hdel.top. Then it shows error difference in atom (391+74040).<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.11#<br>checking input for internal consistency...<br>calling /lib/cpp -traditional...<br>Tried to execute: '/lib/cpp -traditional&nbsp; -I/usr/local/gromacs/share/top
 -D_FF_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MBER2 hdel.top &gt; grompp1LWQAw'<br>The '/lib/cpp -traditional' command is defined in the .mdp file<br>processing topology...<br>Generated 2628 of the 2628 non-bonded parameter combinations<br>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>Generated 2628 of the 2628 1-4 parameter combinations<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for
 Protein_C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Excluding 2 bonded neighbours for SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 391<br>Excluding 2 bonded neighbours for SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74040<br>WARNING 1 [file "hdel.top", line 47]:<br>&nbsp; System has non-zero total charge: -1.502655e+02<br><br>processing coordinates...<br>Fatal error: number of coordinates in coordinate file (hdel.gro, 302737)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (hdel.top, 228697)<br><br>Is this error due to charge ? In this case i am unable to use genion as it needs .tpr generated by grompp. how the
 coordinates are not matching. Is last line of .top file is not read.<br><br>Thanks and regards<br><BR><BR>ALAGURAJ VELUCHAMY<br>c/o Dr.S.KRISHNASWAMY,<br>CENTRE OF  EXCELLENCE IN BIOINFORMATICS,<br>MADURAI KAMARAJ UNIVERSITY,<br>MADURAI, TN.<br>Ph:09486148690<p>&#32;

<hr size=1><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Bored stiff?</a> Loosen up...<br><a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=49935/*http://games.yahoo.com">Download and play hundreds of games for free</a> on Yahoo! Games.