Dear gromacs user,<br><br>I am doing the MD simulation of CNT-DNA interaction.<br>Before introducing DNA, I used gromacs default force field <br>and finished the simulation of CNT (carbon nanotube). And, <br>in the ffgmxnb.itp
, I introduced the non-bonded parameters <br>for C-C and C-OW (oxygen) in the [non-bonded param] session. <br><br>Now, I have the amber99 package. I opened ffamber99nb.itp and <br>compared the format of ffamber99nb.itp to 
ffgmxnb.itp. <br>There is only [atoms] session in ffamber99nb.itp. <br><br>Do you mind telling me how to introduce these non-bonded <br>parameters (L-J parameters) for C-C and C-OW in ffamber?<br>Do I just simply add [non-bonded param] at the end of the 
ffamber99nb.itp<br>and list the parameters there?<br><br>I guess this is important for me because I attempted to add [non-bonded param] <br>at the end of the itp file. After the energy minimization, I visualized that the 
<br>carbon nanotube is standing above the simulation box. <br><br>Also, I realize that the atom mass in ffamberXX.itp is 0, but in ffamberXX.atp,<br>all masses are non-zero.&nbsp; Do you minding explain it for me in detail?<br>
<br>I appreciate your help.<br><br>Regards!<br>Bo<br>