Hi Mark,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I need to calculate the individual energies of aminoacids using Gromacs. But while using energygrps option in .mdp file for each amino acid I can only calculated the nonbonded energies of this residue. Is there a way where I can calculated the bonded interactions for each amino acid?
<br>Thank you <br>abhigna<br>