
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">

<META content="MSHTML 6.00.2900.3132" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>I want to simulated 

transport of D- and L- alanine molecules. First I tried using ffg43a1 force 

field, but D-analine will quickly flip to L-alanine during energy minimization 

(I dont know why). Alternatively, I tried oplsaa force fields. That's OK without 

flip from D- to L-. But one problem is that when I used</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>pdb2gmx -f 

L_alanine.pdb -p L_alanine.top -o L_alanine.gro -ff oplsaa</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>The produced 

L_alanine.top showed that L_alanine molecule has non-integral charge, which is 

obvioulsy&nbsp;unrealisitc.</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>[ atoms 

]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr 

residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp; opls_287&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; 

; qtot -0.3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 

opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 

opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.36<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 

opls_290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.69<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 

opls_283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.73<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.79<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 

opls_135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; 

; qtot 0.61<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 

0.67<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 

0.73<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.79<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 

opls_271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.49<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 

opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 

; qtot 0.69<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 

opls_272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 

; qtot -0.11</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>I opened 

ffoplsaa.rtp and find the atom types for ALA residue is</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>[ ALA ]<BR>&nbsp;[ 

atoms ] <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; 

-0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_241&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_224B&nbsp;&nbsp; 

0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_135&nbsp;&nbsp; 

-0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 <BR>&nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 <BR>&nbsp;&nbsp; 

HB2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 

<BR>&nbsp;&nbsp; HB3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; 

-0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>I found that charges 

of atoms in L_alanine molecule are different from charges of corresponding atoms 

in ALA residue. I want to ask</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>(1) why L_alanine 

molecule has non-integral charge? Is it right?</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>(2) 

why&nbsp;identical atoms in L_alanine and ALA residue have different 

charges?</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=158490812-17062007>Thanks in 

advance,</SPAN></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 

class=158490812-17062007>&nbsp;</DIV></SPAN></FONT>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV align=left>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman" size=4>Zhongqiao Hu</FONT></DIV>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV align=left>

<DIV align=left>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT></DIV></DIV><FONT 

face="Times New Roman">Department of Chemical and Biomolecular 

Engineering</FONT></DIV>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">National University of 

Singapore</FONT></DIV>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman">117576, Singapore</FONT></DIV>

<DIV align=left><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>