<div>Hi, </div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I want to carry out normal mode analysis on a large protein (about 10,000 atoms) without using coarse grain approximations. Amber is out of the question since it can only handle about 5,000 atoms for NMA. I am wondering if GROMACS can deal with this&nbsp;assuming running on a 64-bit machine with 8G memory. I truely appreciate it if you can help.
</div>
<div><br><br>Liwei Li<br>Postdoctoral Associate<br>Department of Biochemistry,</div>
<div>Indiana University School of Medicine,<br>410 W. 10th Street, Suite 5000<br>Indianaposlis, IN 46202<br>Tel: (317)278-9185 </div>