
<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">


<head>

<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=ks_c_5601-1987">

<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">

<style>

<!--

 /* Font Definitions */

 @font-face

        {font-family:바탕;

        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:굴림;

        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:굴림체;

        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@굴림";

        panose-1:2 11 6 0 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@굴림체";

        panose-1:2 11 6 9 0 1 1 1 1 1;}

@font-face

        {font-family:"\@바탕";

        panose-1:2 3 6 0 0 1 1 1 1 1;}

 /* Style Definitions */

 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        text-align:justify;

        text-justify:inter-ideograph;

        text-autospace:none;

        word-break:break-hangul;

        font-size:10.0pt;

        font-family:바탕;}

a:link, span.MsoHyperlink

        {color:blue;

        text-decoration:underline;}

a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed

        {color:purple;

        text-decoration:underline;}

p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        text-align:justify;

        text-justify:inter-ideograph;

        text-autospace:none;

        word-break:break-hangul;

        font-size:10.0pt;

        font-family:바탕;}

span.EmailStyle17

        {mso-style-type:personal-compose;

        font-family:굴림;

        color:windowtext;}

 /* Page Definitions */

 @page Section1

        {size:595.3pt 841.9pt;

        margin:99.25pt 3.0cm 3.0cm 3.0cm;

        layout-grid:18.0pt;}

div.Section1

        {page:Section1;}

-->

</style>


</head>


<body lang=KO link=blue vlink=purple>


<div class=Section1 style='layout-grid:18.0pt'>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>Dear Gromacs users,<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>I have successfully installed Amber FF in Gromacs according to

the instruction by the Pande Group (<a

href="http://folding.stanford.edu/ffamber/">http://folding.stanford.edu/ffamber/</a>).<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>I ran a demo successfully and enjoyed the speed of Gromacs.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>My questions are:<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>[Question 1] The topology file produced by pdb2gmx with Amber

FF (ffamber03, for example) looked different from what we used to obtain with ffG43a1.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>No force constants were assigned in [ bonds ], [ angles ], [

dihedrals ], etc.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>[ atoms ]<br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;

chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=DE

style='font-family:굴림체'>1 amber99_25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DA5&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.008&nbsp;&nbsp;

; qtot 0.4422<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 amber99_43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DA5&nbsp;&nbsp;&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.6318&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

16&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1896<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=EN-US

style='font-family:굴림체'>3 amber99_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; DA5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0069&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01&nbsp;&nbsp; ;

qtot -0.1965<br>

</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US style='font-family:굴림'>......<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>[ bonds ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US style='font-family:굴림'>......<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>[ pairs ]<br>

</span></font><font face=굴림체><span lang=IT style='font-family:굴림체'>;&nbsp;

ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=EN-US

style='font-family:굴림체'>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US style='font-family:굴림'>......<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>[ angles ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US style='font-family:굴림'>....<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>[Question 2] In the RTP file of Amber FF, again no force

constants were assigned in [ bonds ], [ dihedrals ], etc., and <u>[ angles ]

was missing</u>.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>Is it what it</span></font><font face=Arial><span lang=EN-US

style='font-family:Arial'>’</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US

style='font-family:굴림'>s supposed to be?<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>Here is a sample rtp entry of ffamber03.rtp.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoPlainText><font size=2 face=굴림체><span lang=EN-US style='font-size:

10.0pt;font-family:굴림체'>[ GLY ] ; HAx atoms assigned new ff03 atom type<br>

&nbsp;</span></font><font face=굴림체><span lang=DE style='font-family:굴림체'>[

atoms ]<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_34&nbsp;

-0.374282&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp;

0.253981&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=IT style='font-family:

굴림체'>CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp; -0.128844&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

&nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.088859&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

&nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.088859&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=EN-US

style='font-family:굴림체'>C&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.580584&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_41&nbsp;

-0.509157&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

&nbsp;[ bonds ]<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font><font face=굴림체><span lang=IT

style='font-family:굴림체'>N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; HA1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; HA2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>

&nbsp;[ dihedrals ]<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+N&nbsp;&nbsp;&nbsp; +H&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+N&nbsp;&nbsp;&nbsp; +H&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_4<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+N&nbsp;&nbsp; +CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;

+N&nbsp;&nbsp; +CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_5<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CA&nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_5<br>

&nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_6<br>

&nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; backbone_prop_6<br>

&nbsp;[ impropers ]<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

</span></font><font face=굴림><span lang=EN-US style='font-family:굴림'>Any comments

would be appreciated.<o:p></o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>


<p class=MsoNormal><font size=2 face=굴림><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;

font-family:굴림'>Sanghwa Han<o:p></o:p></span></font></p>


</div>


</body>


</html>