<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">Dear GROMACS Users,</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">the OPLSAA force field (implemented in gromacs), have a notation for deprotonated arginine ARGN vs ARG (charge 0). </span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">The utility pdb2gmx don't give do possibility to set arginine protonation state, like LYS, HIS ...</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">There are a way to overcome this problem?</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">I have found at this link </span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><a href="http://www.krugle.com/examples/p-2R7KSPYdeW4OI1tn/pdb2gmx.c">http://www.krugle.com/examples/p-2R7KSPYdeW4OI1tn/pdb2gmx.c</a></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">the source code of pdb2gm.c, this source implement the option '-arg', for the definition of arginine protonation state, but the problem is that the site state that this source is in the package released from gromacs.org. I have downloaded the package, but the pdb2gmx.c(gromcas/src/kernel/pdb2gmx.c) is different, it don't have the arginine manager code. </span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">Do Someone have some explanation? </span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br class="webkit-block-placeholder"></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">Thanks To All</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;">Roberto Marchese</span></font></div> 
</body></html>