Hi David.<br><br>Thanks a lot. Just trying it now.<br><br>The mistake of the g_energy was something I sould have expected: I use an old Suse version, which *has* gromacs 3.2 installed by standard. The paths where getting that one instyead of my actual one. I completelly forget that, specially cause for no reason the paths don&#39;t work, yast doesn&#39;t uninstall it and have to make use of the &quot;alias&quot; to get things working properly
<br><br>Next linux installation I do it in a cleaner way.&nbsp; ;)<br><br>About the twin range, I&#39;m rerunning to correct it. I&#39;ve really didn&#39;t notice that when I choose the simulatins parameters of this whole series a long time ago. Really thank you very much.
<br><br>I&#39;ll post again after I get the new results to let be in the list if it is correct now or still has something wrong. May help others.<br><br>Thanks a lot!<br><br>Sincerally yours,<br><br>Jones<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 6/23/07, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Jones de Andrade wrote:<br>&gt; Hi David.<br>&gt;<br>&gt; Well, as long as I can remember, I pushed the last gromacs sources at<br>&gt; time (3.3.1) and just installed it. Anyway, mdrun tells me it is 3.3 and<br>&gt; g_energy says it is 
3.2.1 (in the run headers). I expected this to be<br>&gt; normal, or could I have run in some kind of unnexpected or unremembered<br>&gt; problem?<br>&gt;<br><br>So that explains it: g_energy uses the names of the energy terms, and
<br>this exactly changed between 3.2 and 3.3. Hence Coul. Recip is not<br>recognized as an energy term by the old g_energy. By the way you have<br>rcoulomb &gt; rlist, there you are using twin range cut-off. You probably<br>
want to make them identical. Now you are computing the energies for<br>particles at distance between 1.25 and 1.30 only every nstlist steps,<br>while you are computing the energies for particles at Rij &lt;= 1.25 and<br>particles at Rij&gt;= 
1.30 at every step.<br><br><br>&gt; About coul.recip.: Those results above, of the big list, all include<br>&gt; -nmol 500. It means that coul. recip. should be divided by 500² instead<br>&gt; of only 500?<br>&gt;<br>&gt; About twin-range: only if I&#39;m unaware of it. In order to be sure, I&#39;m
<br>&gt; pasting here the mdp file I&#39;m using. But, as far as I know, the answer<br>&gt; is no, I&#39;m not using twin-range.<br>&gt;<br>&gt; Tnaks a lot in advance,<br>&gt;<br>&gt; Sincerally yours,<br>&gt;<br>&gt; Jones
<br>&gt;<br>&gt; .mdp file follows:<br>&gt;<br>&gt; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;/lib/cpp<br>&gt; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;md<br>&gt; tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; 3650.000<br>&gt; dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.002<br>&gt; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 125000
<br>&gt; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1<br>&gt; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0<br>&gt; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10; 5&nbsp;&nbsp;;10<br>&gt; xtc-precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; 1000 ;NAO MEXER!
<br>&gt; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&gt; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>&gt; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5<br>&gt; energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;System<br>&gt; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;grid<br>&gt;<br>&gt; ; Constraints use is:
<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;none<br>&gt; constraint_algorithm = lincs<br>&gt;<br>&gt; ;Treatment of Vdw and Elctrostatics:<br>&gt; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;cut-off<br>&gt; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;EnerPres<br>&gt; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;
1.25<br>&gt; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.25<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;PME<br>&gt; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.30<br>&gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.1<br>&gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;4<br>&gt; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1e-05<br>&gt; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;yes
<br>&gt;<br>&gt; ; Temperature coupling is:<br>&gt; Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;nose-hoover<br>&gt; tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;0.030<br>&gt; tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;System<br>&gt; ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;123.15<br>&gt;<br>&gt; ; Pressure coupling is:
<br>&gt; Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;Parrinello-Rahman<br>&gt; pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;isotropic<br>&gt; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;2.500<br>&gt; compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;4.5e-5<br>&gt; ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1.01325 ;bar == 1. atm<br>
&gt;<br>&gt; ; Generate velocites at 123K is:<br>&gt; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;no<br>&gt; gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;123.15<br>&gt; ;gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;173529<br>&gt; gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;12041979<br>&gt;<br>&gt; On 6/23/07, *David van der Spoel* &lt;
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Jones de Andrade wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hi all.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; First, I would like to apologize for the previous message. Maybe<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&#39;ve<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; been too &quot;harsh&quot;? Sorry for that.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Second, I would like to list all the energetic contributions for one
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; (same system, different run) run that g_energy allowed me to get:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Drift<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Tot-Drift<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.05116&nbsp;&nbsp; 0.0591887&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;-<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.123751<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -
30.9381<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.638&nbsp;&nbsp;0.0664036&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp; 0.114896<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 28.7242<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-14.3726&nbsp;&nbsp;0.0865671&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 -0.0877988<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -
21.9499<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Disper. corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.378693 0.00211843&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 -0.00185533<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -0.463837<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.128875&nbsp;&nbsp;0.0164563&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 0.000956545<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 
0.239138<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Coulomb (LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00237452 4.3944e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 3.95014e-05<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 0.00987542<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; - 145.145&nbsp;&nbsp; 0.660423&nbsp;&nbsp; 0.652976<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00137031
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -0.34258<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-10.2211&nbsp;&nbsp; 0.138681&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 - 0.0988822<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -24.7207<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.67642&nbsp;&nbsp;0.0990863&nbsp;&nbsp;0.0988019 0.000103943
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 0.025986<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.54473&nbsp;&nbsp; 0.167497&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0 -0.0987789<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -24.6949<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;123.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5896
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5896 3.34002e-06<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 0.000835011<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do you use an old version of g_energy with a newer mdrun?<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
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http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
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