Thanks Mark and Patrick for your prompt feedback.<br><br>I did look at hydration energies of small molecules and had no problem reproducing the literature data.&nbsp; That being said, i noticed recently that all was not well in some runs.&nbsp; I don&#39;t think it is a bug.&nbsp; I am more inclined to think that it is a compilation problem.
<br><br>Let me expand a&nbsp; little bit on the problem i&#39;m experiencing with my binaries.<br><div>The problem is as follows:&nbsp; using g_analyze_d, the average of&nbsp;block averages is not the same as the same as the overall average.&nbsp; Getting a data average should be easy enough, but it is not the case here.
<br></div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Here is an example (see Details below):</div>
<div>from 0 to 1000ps -&gt;g_analyze_d average is 1.634425e+03</div>
<div>from 1000 to 2000ps -&gt; g_analyze_d average is 1.634059e+03</div>
<div>from 0 to 2000ps -&gt; g_analyze_d average is 1.637816e+03&nbsp;&nbsp;  ---&gt; a difference of ~ 3kJ/mol compared with the 1ns blocks<br> </div>
<div>from 2000 to 4000 ps &gt; g_analyze_d average is 1.637791e+03&nbsp;&nbsp; </div>
<div>from 0 to 4000ps -&gt; g_analyze_d average is 1.620341e+03&nbsp; --&gt; a difference of ~ 17kJ/mol compared with the 2ns blocks<br></div>
<div>&nbsp;</div>
<div>The difference in averages is about 3 kJ/mol for ~ 1million data
points (2 blocks of 1000ps vs 1 block of 2000ps, dt=0.002) and 14-17
kJ/mol for ~2 million data points (2 blocks of 2000ps vs 1 block of
4000ps, dt=0.002
).&nbsp; This is much greater than the&nbsp;double counting of the 1000ps or
2000ps data point would contribute.&nbsp;&nbsp; <br><br></div>
<div>Also, if i process xvg files with some of my own scripts/programs (perl or double-precision fortran), i get:</div>
<div>from 0-&gt;4000ps -&gt; average is&nbsp;&nbsp;1634.2</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Also, if i trim the xvg file (using grep &#39;^\..000&#39;) to retain data
points on every other&nbsp;0.1 ps or so, g_analyze_d gives an average of
1.634125e+03 over the 4000ps run, which looks like the right answer this time.<br><br></div>
<div>This is all very perplexing. <br></div>
<div>&nbsp;</div>Thanks <br>Philippe<br><p>-----Details----</p>
<p>$GROMACS/bin/g_analyze_d -f prod-path.6.coul.l0.5.sol.xvg -e 2000</p>
<p>Read 1 sets of 1000001 points, dt = 0.002</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition 
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.637816e+03&nbsp;&nbsp; 3.406546e+01&nbsp;&nbsp; 3.406546e-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.168&nbsp;&nbsp; -0.012</p>
<p><br>&nbsp;$GROMACS/bin/g_analyze_d -f prod-path.6.coul.l0.5.sol.xvg -b 2000 -e 4000</p>
<p>Read 1 sets of 1000001 points, dt = 0.002</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition 
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.637791e+03&nbsp;&nbsp; 3.383955e+01&nbsp;&nbsp; 3.383955e-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.154&nbsp;&nbsp; -0.007</p>
<p>$GROMACS/bin/g_analyze_d -f prod-path.6.coul.l0.5.sol.xvg -e 4000<br>Read 1 sets of 2000001 points, dt = 0.002</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition 
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.620341e+03&nbsp;&nbsp; 3.649526e+01&nbsp;&nbsp; 2.580605e-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.676&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.008</p>
<p>---Details end----</p><br><div><span class="gmail_quote">On 6/22/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; Hi all<br>&gt;<br>&gt; I have a silly problem and would welcome any suggestions.&nbsp;&nbsp;At this point i<br>&gt; suspect that this is a installation or compliation problem.<br>&gt;<br>&gt; First, let me say that i am a very unsophiticated user of gromacs.
<br>&gt; Please,<br>&gt; bear with me if there is a well known fix for this.<br>&gt; I have installed gromacs following the instructions on the website<br>&gt; (settings<br>&gt; for double precision and mpi).&nbsp;&nbsp;I started using it and everything seems to
<br>&gt; work pretty well and I have run a number of jobs, mostly FEP&#39;s to<br>&gt; familiarize myself better with Gromacs.&nbsp;&nbsp;The results i get are in line<br>&gt; with<br>&gt; published results.&nbsp;&nbsp;However, on some runs, the average dg/dl values i get
<br>&gt; from the outputfile or from using g_analyze_d are out-of-line with what i<br>&gt; can obtain if i process the data myself.&nbsp;&nbsp; For example, i get a very<br>&gt; different average values for 2 block-averages of 1ns each compared to the
<br>&gt; average over the same 2ns.&nbsp;&nbsp;I&#39;ve tried a few things and it looks like the<br>&gt; problem resides with my gromacs binaries.&nbsp;&nbsp;I can expand on this, if need<br>&gt; be.<br><br>In the absence of a detailed description of what you&#39;re doing, it&#39;s going
<br>to be hard to convince anyone that the problem resides with GROMACS rather<br>than your use of it, or your other method you refer to - particularly as<br>an inexperienced user. I&#39;d suggest developing scripts that do an entire
<br>calculation so that you have some basis for recording exactly what you did<br>and making it reproducible.<br><br>&gt; Before I try reinstalling gromacs, i&nbsp;&nbsp;would appreciate getting some<br>&gt; feedback<br>&gt; on the key settings for a porper gromacs installation and how to check for
<br>&gt; potential problems.<br>&gt; Also, is there a set of test-jobs i can run to convince myself&nbsp;&nbsp;that i<br>&gt; installed gromacs properly and that everything is working properly?<br><br>The installation guide on the website is fine for the vast majority of
<br>systems. I&#39;m not aware of a test suite per se, because MD is not<br>reproducible between slightly different hardware. You should be able to<br>reproduce ensemble averages with accuracy, however.<br><br>Mark<br><br>
_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br>