Hi Mark.<br><br>Haven&#39;t got exactly what you said. So let me rephrase myself:<br><br>The CF4 molecule doesn&#39;t have dihedrals nor intramolecular LJ and coulombic contributions.<br><br>What kind of contribution am I missing that makes potential energy minus bond stretching minus angle bending *different* from Lj + coulomb(SR) + coulomb (LR) + Disp correction?
<br><br>Thanks a lot in advance,<br><br>Sincerally yours,<br><br>Jones<br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/23/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>&gt; The intermolecular energy in the liquid should no be equal to the sum of
<br>&gt; the<br>&gt; LJ, coulomb(SR, coulb(LR) and Disp Correction? And, that correct,<br>&gt; shouldn&#39;t<br>&gt; it be equal also to the potential energy minus bond minus angle bending<br>&gt; energies? What am I missing, that is making me have both different?
<br><br>Dunno since we can&#39;t read your mind about the sort of calculation you<br>did... What does your logfile have?<br><br>&gt; Another question: what exactly is the &quot;coul. recip.&quot; standing for? I<br>&gt; expected it had to be included in the above sums also, but the high values
<br>&gt; it yelds would be nonsense.<br><br>It&#39;s the reciprocal space sum of the Ewald method you&#39;re using. It sounds<br>like you should read the section in chapter 4(?) of the manual that<br>describes this. The reason it&#39;s large is that it has (roughly) all the
<br>long-range contributions from all of the atoms, and I don&#39;t think these<br>can be sensibly broken down into by-atom components.<br><br>So if you&#39;re interested in determining intermolecular energies, for some<br>
reason, you should design a simulation protocol that has a chance of doing<br>this. In a GROMACS context, that probably means GRF electrostatics.<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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