<br clear="all"><br>Dear Gromacs users,<br><br>my name is Corina Stratan and I am a Ph.D. student in computer science. We have a project in our group in which we try to analyze the behaviour of a few typical scientific applications in a cluster environment, and we would like to include Gromacs in our tests. We have a few general questions about Gromacs, maybe somebody who has experience with it can help us:
<br><br>1) Which is the typical size of the input/output files for Gromacs programs? The ones included in the tutorial are below 50K; are the files larger in &quot;real&quot; situations? And if yes, is there any place we can find some larger test files?
<br><br>2) Which would be the typical running time of an mdrun simulation? (or put it another way, is the runtime usually significant - i.e., more than a few minutes?)<br><br>3) Are the jobs usually run in batch? And if yes, do the batches contain a single program, run with different input files, or multiple programs?
<br><br><br>Thank you!<br>Corina<br><br><br>