Sorry <br>
&nbsp;I will take care of this&nbsp; in the future.<br>
Thanks&nbsp; for your advice . <br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/29/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; i m carryin a protein explicit solvent simulation&nbsp;&nbsp;using gromacs&nbsp;&nbsp;3.3<br>&gt; for intially minimizing the hydrogen i did some small mini and equi in the<br>&gt; vaccum by maintaing the restraints<br>&gt; then i added ions and water but in the very first minimization i m getting
<br>&gt; the following error<br><br>Please use normal capitalization and punctuation and do not invent your<br>own abbreviations and shorthands. You&#39;re trying to communicate with busy<br>people whose advice you want for free. To improve your chances of getting
<br>useful help, you should make things easy for them, not easy for yourself.<br><br>If you were still using restraints in this second minimization, try taking<br>them off for a second vacuum geometry optimization phase.<br>
<br>&gt; 1-4 interaction between 1 and 9 at distance 8.454 which is larger than the<br>&gt; 1-4 table size 1.000 nm<br>&gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>&gt; This usually means your system is exploding,
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; in the log file im geting :<br>&gt;<br>&gt; 4 inconsistant shifts check ur topology<br>&gt;<br>&gt; following is my input file :<br>&gt;<br>&gt; title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1min in water<br>&gt; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= -DPOSRES
<br>&gt; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= steep<br>&gt; dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.001<br>&gt; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none<br>&gt; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<br>&gt; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>&gt; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1<br>&gt; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1
<br>&gt; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1.4<br>&gt; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>&gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>&gt; pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>&gt; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.12<br>&gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6
<br>&gt; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1e-5<br>&gt; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= yes<br>&gt; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = angular<br>&gt; emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100.0<br>&gt; emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.01<br><br>This seems fine.<br><br>&gt; after adding the ions i have modified the topology file,
<br>&gt; plz tel me what is the exact reason for this error or what are the&nbsp;&nbsp;other<br>&gt; things i should check in relation to the&nbsp;&nbsp;error<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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