Hi,<br>I am new to GROMACS. I want to perform Normal Mode Analysis of a protein. For that I require a well minimized structure. I have minimized my structure using steepest descent and conjugate gradient. But the structure seems to have got struct in a local energy minima. How should I proceed to get a well minimized structure in order to go for Normal mode Analysis? 
<br>Please suggest any protocol.<br><br>Regards,<br clear="all"><br>-- <br><span style="color: rgb(0, 0, 102);">Anirban Ghosh</span><br style="color: rgb(0, 0, 102);"><span style="color: rgb(0, 0, 102);">M.Tech Bioinformatics
</span><br style="color: rgb(0, 0, 102);"><span style="color: rgb(0, 0, 102);">University of Hyderabad</span><br style="color: rgb(0, 0, 102);"><span style="color: rgb(0, 0, 102);">Hyderabad - 500 046</span><br style="color: rgb(0, 0, 102);">
<span style="color: rgb(0, 0, 102);">Andhra Pradesh</span><br style="color: rgb(0, 0, 102);"><span style="color: rgb(0, 0, 102);">India</span>