We have used the free tool Argus Lab for geometry opt of the protein. For small protein it will work, but u can try it. Use UFF &amp; BFGS options. Did u checked the Ramachandran plot of your protein?<br><br><br>Subject: Re: [gmx-users] Re: error during the minimization
<br><br>thanks for your advice Mr. Manoj<br>I tried the same simulation by taking a structure which was already<br>minimized &nbsp;by another software Amber. Using that structure as the starting<br>structure also, i got the same error i mention earlier.
<br>please suggest me something<br>thanks<br clear="all"><br>-- <br>M.N. MANOJ<br>PROJECT LEADER - BIOINFORMATICS<br>VITTAL MALLYA SCIENTIFIC RESEARCH FOUNDATION<br>BANGALORE<br>INDIA