Hi all<br><br>I am new to Gromacs: I am simulating pure polymer (22 monomers and 16 linear chains) in vaccum and i have a few questions regarding the trjconv command.<br><br>I run a NPT simulation for 500 picosecond and when i see the output (.gro) file in vmd i found some holes my simulation box. 
<br>I mean 2 or 3 chains were away from the center position of the box where other chains were residing.<br><br>so i thought of performing a NVT simulation follwed by BD for my system to be equillibriated. <br><br>1. Will that help in the&nbsp; purpose of equillibriation?
<br><br>so, for that i wanted to center all the polymer chains inside the box and performed the trjconv program.<br>But I wonder <br>2.Which ouput file from my 500 ps simulation (.xtc or .gro )&nbsp;  shall i use to perform the trjconv and which options (-pbc nojump, -pbc whole) shall I&nbsp; specify inorder to achieve my goal?
<br>or <br>3.the holes that i have mentioned before are accpetable or not?<br><a href="http://4.is">4.is</a> it can be the problem with VMD visualisation?<br><br>out of interest i performed the trjconv with .gro file as follows
<br><br>trjconv -f abc.gro -s abc.tpr -pbc nojump -o output.gro<br><br>but when i viewed the output.gro in vmd i found most of my chains were broken. <br><br>5.which file i have to give as input and what makes the difference (.xtc file or .gro file?)
<br><br>then i tried wth .xtc file as input as follows<br><br>trjconv -f abc.xtc -s abc.tpr -pbc nojump -o output.gro<br><br>this time it was not found to be broken.<br><br>Waiting for any suggestions<br><br><br>Thanking in advance
<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>