Hey Mark,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Appreciate your immediate response.You can find the input and the error below:<br>g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo pull2.pdo pull3.pdo pull4.pdo pull5.pdo <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_wham&nbsp; (-:
<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pmf.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-hist pull1.pdo.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file
<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files
<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -min&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Minimum coordinate in profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -max&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Maximum coordinate in profile
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bins&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100&nbsp; Number of bins in profile<br>&nbsp;&nbsp; -[no]prof&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Only calculate min and max<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -temp&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298&nbsp; Temperature<br>&nbsp;&nbsp; -[no]flip&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Combine halves of profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tol&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 
0.01&nbsp; Tolerance<br><br>Opening file pull2.pdo.<br><br>gunzip: stdin: not in gzip format<br>-------------------------------------------------------<br>Program g_wham, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmx_wham.c, line: 90
<br><br>Fatal error:<br>This does not appear to be a valid pdo file<br>-------------------------------------------------------<br><br>Thanks ,<br>S.K<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/2/07, <b class="gmail_sendername">
Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; Hey All,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to use g_wham command to compute PMF.Can anyone please let<br>&gt; me know how to use that command?<br><br>Well there&#39;s g_wham -h and the section on WHAMin the manual...<br><br>&gt; When I try giving the input files sequentially like
<br>&gt;<br>&gt; g_wham -o PMF.XVG -hist pull1.pdo pull2.pdo pull3.pdo,<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;there is an error message saying, that it is not a valid input file<br>&gt; format.<br><br>Please be specific about the error message and the file that caused it.
<br>Computers are precise, and you should be also in describing their<br>responses to your inputs.<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read 
<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>