Hi Mark,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  when I give only one file in the input for g_wham,<br>&nbsp;<br>g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo ,<br><br>It asks me to give a series of inputs.The error which I get is<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_wham&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description
<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pmf.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-hist pull1.pdo.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -min&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Minimum coordinate in profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -max&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Maximum coordinate in profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bins&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100&nbsp; Number of bins in profile
<br>&nbsp;&nbsp; -[no]prof&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Only calculate min and max<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -temp&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298&nbsp; Temperature<br>&nbsp;&nbsp; -[no]flip&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Combine halves of profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tol&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.01&nbsp; Tolerance<br><br>-------------------------------------------------------
<br>Program g_wham, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmx_wham.c, line: 314<br><br>Fatal error:<br>You need to specify a series of pdo files as input<br>---------------------------------------------------<br><br>Appreciate your 
help.Thanks,<br>SK<br><br><br><br><br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/3/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">&gt; Hey Mark,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Appreciate your immediate response.You can find the input and
<br>&gt; the<br>&gt; error below:<br>&gt; g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo pull2.pdo pull3.pdo pull4.pdo pull5.pdo<br><br>g_wham -h suggests that -hist won&#39;t accept multiple input files. Only a<br>few GROMACS utilities will do magic concatenation for you. Have a look at
<br>the file format and see what you need to do with a text editor or command<br>line tools.<br><br>&gt; Opening file pull2.pdo.<br>&gt;<br>&gt; gunzip: stdin: not in gzip format<br>&gt; -------------------------------------------------------
<br>&gt; Program g_wham, VERSION 3.3.1<br>&gt; Source code file: gmx_wham.c, line: 90<br>&gt;<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; This does not appear to be a valid pdo file<br>&gt; -------------------------------------------------------
<br><br>Does g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo work?<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>