hi all, <br><br>i have installed Gromacs and tried running simulation using explicit solvent.i did pdb2gmx to convert my pdb file to gromacs coordinate file and then editconf and genbox to add water molecules.<br>next i did minimization it run well but when i tried to run position restraints i have to face an error:<br>My commnd: <br>grompp -f gr15-42_wat_md_prest.mdp -c 2bp_wat_emin_nic.gro -p 2bp_nic.top -o 2bp_wat_md_prest_nic.tpr<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>out error:<br><br>creating statusfile for 1 node...<br>' for variable integrator, using 'md'<br>Next time use one of: 'md' 'steep' 'cg' 'bd' 'sd' 'nm' 'l-bfgs' 'tpi'<br>' for variable ns-type, using 'Grid'<br>Next time use one of: 'Grid' 'Simple'<br>' for variable coulombtype, using 'Cut-off'<br>Next time use one of: 'Cut-off' 'Reaction-Field' 'Generalized-Reaction-Field' 'PME' 'Ewald' 'PPPM'
 'Poisson' 'Switch' 'Shift' 'User' 'Generalized-Born' 'Reaction-Field-nec' 'Encad-shift' 'PME-User'<br>' for variable optimize_fft, using 'no'<br>Next time use one of: 'no' 'yes'<br>' for variable tcoupl, using 'No'<br>Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Nose-Hoover' 'yes' 'Andersen' 'Andersen-interval'<br>' for variable Pcoupl, using 'No'<br>Next time use one of: 'No' 'Berendsen' 'Parrinello-Rahman' 'Isotropic'<br>' for variable Pcoupltype, using 'Isotropic'<br>Next time use one of: 'Isotropic' 'Semiisotropic' 'Anisotropic' 'Surface-Tension'<br>' for variable gen-vel, using 'no'<br>Next time use one of: 'no' 'yes'<br>' for variable constraints, using 'none'<br>Next time use one of: 'none' 'h-bonds' 'all-bonds' 'h-angles' 'all-angles'<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.18#<br>checking input for internal consistency...<br>...ling /usr/bin/cpp/<br>: Not a directory<br>cpp exit code: 32256<br>&nbsp; -I/usr/local/gromacs/share/gromacs/top&nbsp;
 2bp_nic.top &gt; grompp7ynGtl'<br>' command is defined in the .mdp file<br>processing topology...<br>processing coordinates...<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 3.3.1<br>Source code file: grompp.c, line: 448<br><br>Fatal error:<br>number of coordinates in coordinate file (2bp_wat_emin_nic.gro, 6544)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (2bp_nic.top, 0)<br><br>I have checked the Top file it has spc.itp included in it, i have even tried to create top file from the gro file created by running minimization but still the same error.if one want to see my Mdp file i can send that also.<br><br>Regards<br>-------------------------------------------------------<br><br><br><p>&#32;Send free SMS to your Friends on Mobile from your Yahoo! Messenger. Download Now! http://messenger.yahoo.com/download.php