Hey Arneh,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I did the same way as you told me to do so.<br>I collected all my *.pdo files into one directory and then using gzip *.pdo ,zipped those files.<br>Then I used the command line as<br>g_wham *.gz -bins 1500 -temp 298 -o 
pmf.xvg<br>&nbsp;I still get the same error which is as follows:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp; :-)&nbsp; g_wham&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>
&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp; profile.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-hist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; histo.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -min&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Minimum coordinate in profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -max&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Maximum coordinate in profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bins&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp; Number of bins in profile<br>&nbsp;&nbsp; -[no]prof&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Only calculate min and max
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -temp&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298&nbsp; Temperature<br>&nbsp;&nbsp; -[no]flip&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Combine halves of profile<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tol&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.01&nbsp; Tolerance<br><br>Opening file pull1.pdo.gz.<br>-------------------------------------------------------
<br>Program g_wham, VERSION 3.3.1<br>Source code file: gmx_wham.c, line: 90<br><br>Fatal error:<br>This does not appear to be a valid pdo file<br><br><br><br>Can you please let me know how to handle this???<br>Appreciate your help.
<br><br>Thanks,<br>SK<br><br>-------------------------------------------------------<br><br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/3/07, <b class="gmail_sendername">Arneh Babakhani</b> &lt;<a href="mailto:ababakha@mccammon.ucsd.edu">
ababakha@mccammon.ucsd.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">You have to collect all of the pdo files into one directory (and so you&#39;ll
<br>have to rename them if they all have identical names).&nbsp;&nbsp;Then zip them<br>using gzip: gzip *.pdo<br><br>Then you can use the g_wham code, something like:<br>g_wham *.gz -bins 1000 -temp 300 -auto<br><br><br><br>&gt;&gt; Hey Mark,
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Appreciate your immediate response.You can find the input and<br>&gt;&gt; the<br>&gt;&gt; error below:<br>&gt;&gt; g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo pull2.pdo pull3.pdo pull4.pdo<br>&gt;&gt; pull5.pdo
<br>&gt;<br>&gt; g_wham -h suggests that -hist won&#39;t accept multiple input files. Only a<br>&gt; few GROMACS utilities will do magic concatenation for you. Have a look at<br>&gt; the file format and see what you need to do with a text editor or command
<br>&gt; line tools.<br>&gt;<br>&gt;&gt; Opening file pull2.pdo.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; gunzip: stdin: not in gzip format<br>&gt;&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt;&gt; Program g_wham, VERSION 
3.3.1<br>&gt;&gt; Source code file: gmx_wham.c, line: 90<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Fatal error:<br>&gt;&gt; This does not appear to be a valid pdo file<br>&gt;&gt; -------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>&gt; Does g_wham -o pmf.xvg -hist pull1.pdo work?<br>&gt;<br>&gt; Mark<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read 
<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read 
<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>