Thanks Mark for your advice<br>
<br>
&nbsp;I tried to run the simulation even by removing all the restraints as you told but the same problem was coming. <br>
In your&nbsp; second reply you asked me to check the topology file. I
have a doubt in that, actually what are the things i should look at in
the topology file. I have seen my topology file and the related .itp
files also but i did not find anything unusual in that. <br>
<br>
Following are the contents of my Topology file:<br>
<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;ffG43a1.itp&quot;<br>
<br>
; Include chain topologies<br>
#include &quot;aquapomut_grom_A.itp&quot;<br>
#include &quot;aquapomut_grom_B.itp&quot;<br>
<br>
; Include water topology<br>
#include &quot;spce.itp&quot;<br>
<br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
[ position_restraints ]<br>
;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>
#endif<br>
<br>
; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
Protein in water<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>
Protein_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
Protein_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71<br>
CL-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14825<br>
~<br>
<br>
As i told to last time that my protein is a dimer. so my question is
this problem is becasue of some missing parameter required for&nbsp;
realizing&nbsp; gromacs that its a dimeric protein? <br>
<br>
with regards<br>
Gurpreet<br>
 <br><div><span class="gmail_quote">On 7/3/07, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt;&nbsp;&nbsp;Hello Gromacs users:<br><br>Please don&#39;t reply to another user&#39;s question with a change of topic and<br>not change the subject line of your email. Not doing this means the people<br>who might know the answer for you have no idea in advance what you&#39;re
<br>going to be asking, and might not bother reading. Best is to start with a<br>new email, not a reply, and to use your subject line sensibly.<br><br>&gt; I am running a&nbsp;&nbsp;dimeric protein simulation on Gromacs 3.3 using the force
<br>&gt; filed G43a1.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; For initially minimizing the hydrogen i did some small minimization and<br>&gt; equilibration in the vacuum by maintaining the restraints<br>&gt; then i added ions and water but in the very first minimization i m getting
<br>&gt; the following error<br><br>If you want to keep your credibility, when people have already made a<br>suggestion about how to solve your problem, such as I did here<br><a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-June/028301.html">
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-June/028301.html</a>, when you<br>post the same problem, you should say what happened when you tried their<br>suggestion. They didn&#39;t suggest it for their own entertainment.
<br><br>Look at the minimization &quot;trajectory&quot; and see where things are breaking.<br>Have a look at your topology there, read chapter five thoroughly.<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>