I used rule 3 for ffopls rule 1 for ffgmx.<br><br>sigma/epsilon<br><br>[ defaults ]<br>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeQQ<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br><br>C6/C12<br><br>[ defaults ]<br>
; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeQQ<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br><br>Thanks<br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/15/07, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">james zhang wrote:
<br>&gt; I did convert the parameters according to Manual chapter 4.11 and 5.3.3.<br>&gt; I used C6=4*epsilon*sigma^6 and C12=4*epsilon*sigma^12 formula.<br>&gt; If my conversion is right, then where is wrong?<br>how about the defaults section (chapter 5)
<br>&gt;<br>&gt; I find the same question in the mailing list, but there is no response.<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-July/011337.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-July/011337.html
</a><br>&gt;<br>&gt; Why did the same system get totally different simulation result when I<br>&gt; changed the L-J expressions?<br>&gt; Thanks.<br>&gt;<br>&gt; On 7/15/07, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; james zhang wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hi,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I am trying to do some simulation of chloroform system and I need
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; convert sigma &amp; epsilon to C6 &amp; C12 LJ-parameters.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I use C6=4*epsilon*sigma^6 and C12=4*epsilon*sigma^12 formula.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; This is my result<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; [ atomtypes ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; ;type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;epsilon<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;CH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.01100&nbsp;&nbsp; 0.420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.80000e-01&nbsp;&nbsp;3.26944e-01<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;CLCL3&nbsp;&nbsp; 
35.45300&nbsp;&nbsp; -0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.47000e-01&nbsp;&nbsp;1.25604e+00<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; [ atomtypes ]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; ;name&nbsp;&nbsp;at.num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
13.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.39376E-02<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11856E-06<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp; CL3&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;35.45300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.87710E-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.15300E-06<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; The sigma and epsilon LJ-parameters is very good to discribe
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chloroform<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; box in the molecular topology of user contributions.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/">
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/">
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/">
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/">
http://www.gromacs.org/component/option,com_docman/task,cat_view/gid,36/dir,DESC/order,name/limit,5/limitstart,10/</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; But when I use C6&amp;C12 LJ-parameters I can not get equilibrium and the<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; moleculars sticked together.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cd src/contrib/<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make sigeps<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; manual chap. 4<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check combination rules<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Thanks in advance.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Sincerely yours,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; James Jianzhang<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">
spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Sincerely yours,<br>
&gt; James Jianzhang<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________
<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
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</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sincerely yours,<br>James Jianzhang<br>Department of Mechanical and Chemical Engineering <br>North Carolina Agricultural and Technical State University <br>1601 East Market Street <br>
Greensboro, NC 27411 <br><a href="mailto:jzhang@ncat.edu">jzhang@ncat.edu</a> or <a href="mailto:james.zhangj@gmail.com">james.zhangj@gmail.com</a><br><a href="http://www.ncat.edu/~jzhang">http://www.ncat.edu/~jzhang</a>