<br><br><span class="gmail_quote"><br></span>Hello users,<br>
<br>
I am carrying a protein simulation using g43a1 force field in gromacs 3.3<br>
&nbsp;i carried out some intial simulation without water in the absence of the neutralizing ions <br>
my system was going fine at that time but when i used the genion
command to add ions , i found that my protein was broken into
parts.&nbsp; <br>
i am using <br>
genion -s 4min.tpr -o 4min_ion.pdb -nname CL- -nn 6 -g 4min_ion2.log<br>
<br>
i have checked upto 4min.tpr , structure is fine but only after adding
ions i am getting this breakage i.e in the&nbsp; file&nbsp; 4min_ion.pdb<br>
<br>
what could be the reason for this ?<br>
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While running the genion it usually asked for the group into which we
want to add the ions so i have checked with both the SOL group and OTH
group seperatly , in both the cases ions were replacing the solvent
molecules.&nbsp; Is their any way by which we can add ions without
replacing any solvent molecules ? <br>
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Thanks<br>
With Regards<br><span class="sg">
Gurpreet <br>
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