
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

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<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7036.0">

<TITLE>Parallel Use of gromacs - parallel run is 20 times SLOWER than single node run</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/rtf format -->


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I ran a parallel (mpi) compiled version of gromacs using the following command line:</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">$ mpirun -np 5 mdrun_mpi -s topol.tpr -np 5 -v</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">At the end of the file md0.log I found:</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Parallel run - timing based on wallclock.</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp; SCFE=Soft-Core/Free Energy</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; NF=No Forces</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % of Flops</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Coulomb + LJ [W4-W4]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 876.631638&nbsp;&nbsp; 234060.647346&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 692.459088&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6924.590880&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 457.344228&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9604.228788&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Reset In Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.782888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 124.045992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 137.773776&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 826.642656&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.445722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.925938&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Sum Forces&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 206.660664&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 206.660664&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70.237023&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1264.266414&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2135.493528&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.880000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 688.800000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;P-Coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 413.321328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.893776&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1860.131952&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 413.321328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.675498&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1240.211952&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.225166&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5563.728618&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Virtual Site 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.221722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 637.203714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266063.221098&nbsp;&nbsp; 100.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp; 3344.000&nbsp;&nbsp; 3344.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55:44</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (MFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.262&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79.564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.517&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46.444</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Detailed load balancing info in percentage of average</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE:&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4 Scaling</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-------------------------------------------</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Coulomb + LJ [W4-W4]:118&nbsp; 94 101 104&nbsp; 80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 84%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Outer nonbonded loop: 97&nbsp; 98&nbsp; 98 103 102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NS-Pairs:116&nbsp; 94 101 104&nbsp; 82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; Reset In Box: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Shift-X: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG-CoM: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sum Forces: 99 100&nbsp; 99&nbsp; 99&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Virial: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Update: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Stop-CM: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P-Coupling: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Calc-Ekin: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; Constraint-V: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Constraint-Vir: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Settle: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Virtual Site 3: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total Force:118&nbsp; 94 101 104&nbsp; 81&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 84%</FONT></SPAN>

</P>

<BR>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp; Total Shake: 99 100&nbsp; 99 100&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99%</FONT></SPAN>

</P>

<BR>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Total Scaling: 85% of max performance</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Finished mdrun on node 0 Sat Jul 14 23:32:32 2007</FONT></SPAN>

</P>

<BR>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Now, I tried the same calculation on one node and found the following at the end of the file md.log:</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp; SCFE=Soft-Core/Free Energy</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; NF=No Forces</FONT></SPAN>

</P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp; % of Flops</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Coulomb + LJ [W4-W4]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 875.182588&nbsp;&nbsp; 233673.750996&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Outer nonbonded loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 688.853376&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6888.533760&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 456.997574&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9596.949054&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Reset In Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.782888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 124.045992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 137.773776&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 826.642656&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.445722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.925938&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69.156915&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1244.824470&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2135.493528&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.880000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 688.800000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;P-Coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 413.321328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.893776&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1860.131952&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.886888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 413.321328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.675498&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1240.211952&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.225166&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5563.728618&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Virtual Site 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.221722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 637.203714&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 265406.885286&nbsp;&nbsp; 100.0</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">-----------------------------------------------------------------------</FONT></SPAN>

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<P><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 165.870&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.3</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2:45</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.276&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.418&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.304</FONT></SPAN>


<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT COLOR="#FF0000" SIZE=2 FACE="Arial">Finished mdrun on node 0 Thu Jul 12 15:17:49 2007</FONT></SPAN>

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<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">While I didn't expect to find pure linear scaling with gromacs.&nbsp; However, I didn't expect to find a massive INCREASE in computational effort across my 5 node, gigabit ethernet cluster.</FONT></SPAN></P>


<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Anybody understand why this happened?</FONT></SPAN>

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<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks.</FONT></SPAN>

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<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Jim Kress</FONT></SPAN>

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