<DIV>Dear Gromacsers,</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>I have been doing free energy perturbations Gly-&gt;Ala in&nbsp;one&nbsp;strand&nbsp;of collagene.</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Now, the problem is that I have later closely reread the section 5.6.4 ("Free</DIV>  <DIV>Energy Calculations") p. 105 in which it says:</DIV>  <DIV>"Bonded interactions between atoms that are not perturbed do not need B parameter specifications ..".</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>My questions are:</DIV>  <DIV>1. Does this mean that bonded interactions between atoms that ARE perturbed DO&nbsp;need&nbsp;B parameter specifications? Even if they are the same in state <BR>A and B?</DIV>  <DIV>2.&nbsp;What about the&nbsp;other topology parameters (angles, dihedrals etc), do they need to be specified too?</DIV>  <DIV>3.&nbsp;What happens if I have not specified these specifications?</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>The relevant parts of the topology file which I use are:</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV> 
 <DIV>[ atoms ]<BR>....</DIV>  <DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.72<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp; CH1&nbsp; 0.0&nbsp; 3.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 DUM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp; CH3&nbsp; 0.0 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.38<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<BR>...</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>[ bonds ]<BR>...</DIV>  <DIV>&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20<BR>&nbsp;&nbsp;
 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<BR>&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<BR>...</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>[ angles ]</DIV>  <DIV>....</DIV>  <DIV>&nbsp;&nbsp; 85&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<BR>&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17<BR>&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<BR>&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<BR>&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<BR>&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29<BR>&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18<BR>&nbsp;....</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>And so on, ie, no B specifications have been done except for the atoms!</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Best regards, and thank you in anticipation,</DIV>  <DIV>Soren</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Ps.&nbsp;One (non-gromacs -sorry) question, given that&nbsp;the above is not wrong:</DIV>  <DIV>For the pertubation Gly-&gt;Ala I have get a deltaG of&nbsp;0.8 kcal/mol. Looking through literature, this does not seem all wrong, say if the pertubation took place in an alpha-helix. On the other hand, it is close&nbsp;to the thermal energy (~kT), and a&nbsp;previous article doing the exact same perturbation arrives at&nbsp;a deltaG around&nbsp;8.6 kcal/mol. Could anyone comment on that?</DIV><p>&#32;
                <hr size=1><br><table><tr><td>
Alt i én. Få <a href=http://dk.mail.yahoo.com>Yahoo! Mail</a> med adressekartotek, kalender og notesblok. </td></tr></table>