Hi there,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have a problems when I do a FEP calculation. <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Below is how I defined dummy atoms in the topology file:<br>

[atom]<br>
;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resnr&nbsp;&nbsp; residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;
charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type_B&nbsp; charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass_B<br>
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.4650&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.0000&nbsp; 0.000000<br>
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.4650&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.0000&nbsp; 0.000000<br>

......<br>

<br>

[virtual_sites3]<br>

;Site from from from funct theta d<br>
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.09450<br>
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.09450<br>

<br>

[bonds]<br>

...<br>

&nbsp;<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The problem is when I ran grompp, there are 2 fatal errors, saying: <br>

ERROR 1:<br>

&nbsp; virtual site H21 (Res LG6-173) has non-zero mass 1.008<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check your topology.<br>

&nbsp;<br>

ERROR 2:<br>

&nbsp; virtual site H22 (Res LG6-173) has non-zero mass 1.008<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check your topology.<br>

&nbsp;<br>

-------------------------------------------------------<br>

Program grompp_mpi, VERSION 3.3.1<br>

Source code file: grompp.c, line: 1180<br>

&nbsp;<br>

Fatal error:<br>

There were 2 errors in input file(s)<br>

-------------------------------------------------------<br>

<br>

<br>

Does anyone know anything about it? Is there any mistake I made? How should I do? Thank you very much.<br>

<br>

Regards,<br>

Qin