Hi,<br>
&nbsp;&nbsp; Thanks for reply. It seems that specifying mass_B = mass_A
doesn&#39;t help to solve the problem. However, if I don&#39;t use the
directory [virtual_site#] the errors disappear! What&#39;s the result if I
do this?&nbsp; Is the directory necessary&nbsp; in the FEP&nbsp;
calculation&nbsp; to define the dummy atoms?<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks,<br>
Qin<br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/20/07, <b class="gmail_sendername">Stéphane Téletchéa</b> &lt;<a href="mailto:steletch@jouy.inra.fr">steletch@jouy.inra.fr</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Wang Qin a écrit :<br>&gt; Hi there,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have a problems when I do a FEP calculation.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Below is how I defined dummy atoms in the topology file:<br>&gt; [atom]<br>&gt;
;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;resnr&nbsp;&nbsp;
residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge<br>&gt;
mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type_B&nbsp;&nbsp;charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass_B<br>&gt;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650<br>&gt;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000&nbsp;&nbsp;0.000000<br>&gt;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650<br>&gt;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000&nbsp;&nbsp;0.000000<br>&gt; ......<br>&gt;<br><br>I think you need to specify the mass_B=mass_A, at least this is how it<br>is setup in the tutorials i&#39;ve done (the one from Berk Hess and the<br>other one from David Mobley).
<br><br>I&#39;ve also done calculations without setting the mass for B (like you<br>did) and did not encounter any problem, the error you&#39;re seing could<br>thus come from another part of your system.<br><br>Cheers,<br>
Stéphane<br><br>--<br>Stéphane
Téletchéa,
PhD.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.steletch.org">http://www.steletch.org</a><br>Unité Mathématique Informatique et Génome <a href="http://migale.jouy.inra.fr/mig">http://migale.jouy.inra.fr/mig</a><br>INRA,
Domaine de
Vilvert&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Tél
: (33) 134 652 891<br>78352 Jouy-en-Josas cedex, France&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fax : (33) 134 652 901<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search
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